1、容易对有些资源失去控制并变得对加盟商过分依赖。虽然有合同的约束，但总部把业务交由加盟商来做，就不可避免地会遇到对某些资源、功能、厂家等的过分依赖和失控现象，而不能完全自主的状况显然是一种不好的潜在威胁。

2、因为特许经营的“克隆”效应，既容易“一荣俱荣”，也当然地容易“一损俱损”，公司声誉和形象会受个别经营不好的加盟店的影响。

3、特许经营合同限制了策略和战略调整的灵活性，在特许经营地区内企业扩展受到限制。

4、当发现加盟店店主不能胜任时，无法更换。

5、难以保证加盟商产品和服务质量达到统一标准。总部必须保证产品和服务的质量标准，并在整个特许经营体系中保持它。他的现场支援人员既为加盟商提供各种支持，又是执行这些标准的监督。总部的职员中负责联络加盟商的，必须善于发现加盟商的问题，协助加盟商适应加盟制度。对于各种小缺陷不及时加以分析处理，就可能变成难以对付的大问题。

6、增加了新的管理问题。

7、损失部分收入。总部自己建立当地业务时会因之而拥有许多“关系户”，这些“关系户”都可以给企业带来附加利益（包括一些收入），而一旦企业实施了特许经营，这些关系资源便会失去，企业因之而存在的潜在收入也会随之不复存在。总部可能发现虽然加盟店的投资收益可能较高，但从加盟店流向总部的现金形式的利润会少于总部直营店的利润潜量。

8、泄露商业秘密。在特许经营过程中，总部不可避免地要与加盟商就技术、生产规划、市场、研发等方面进行交流与沟通，因此，泄露总部的一些数据、资料、技术、秘密也就在所难免。如若不慎，总部还可能泄露非常重要和关键的商业秘密。

9、外部纠纷产生的可能性加大。一般来说，外部纠纷的可能性与外部关系的数目成正比，采用特许经营的企业比完全自己扩张的企业有更大的外部纠纷概率。

10、总部可能招不到合适的加盟商，前期的特许经营体系筹建所费的成本就成为了完全的沉没成本。

11、建立特许点需要巨大资金，招工、培训、支持网络需要一定资源。